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自叙绪说卷一石膏赤石脂硝石、芒硝甘草黄人参沙参桔梗知母白术黄连黄芩柴胡白藓皮龙胆芍药牡丹卷二木香补骨脂姜黄、郁金荆芥薄荷青蒿夏枯草漏芦麻黄麦门冬瞿麦葶苈车前子蓄大黄附子、天雄、乌头半夏荛花菟丝子五味子
叙例言上卷人身阴阳五脏所生五脏所属五脏所藏五脏所主脏腑所合脏腑之官五藏九窍男女天癸血气所生营卫生会六经六气经气主治十二经脉冲任督带下卷全体总论五脏所伤五脏所恶脏腑为病诸病所属四时所病脏腑通治望形察色闻
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总论出产择地土收采按时月藏留防耗坏贸易辨假真咀片分根梢制造资水火治疗用气味药剂别君臣四气五味七情七方十剂五用修合条例服饵先后各经主治引使用药法象卷之一草部上人参黄耆甘草白术生干地黄当归牛膝黄精远志石菖
石山医案
史序凡例卷一风暑湿燥温热卷二咽喉耳目口齿咳嗽咳血喘胸痹虚劳不寐心悸健忘卷三肝风呕吐噎格脘痛腹痛泄泻痢疟卷四肿胀遗精遗尿淋浊疝气疮疡调经带下胎前产后
序卷一风温温疫卷二暑温伏暑温毒湿温冬温卷三中风少阳螈肝风肝厥胁痛肝痈癫狂虚劳吐血便血肿胀单腹胀滞下（俗名痢疾，又曰积。红色属热，属血，白色属寒、属气。）积聚淋浊泄泻卷四痘症噎呕吐反胃哕失音水气寒湿痹风
脏腑虚实标本用药式
脏腑经络先后病脉证治第一湿病脉证第二百合狐惑阴阳毒病证治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证治第五血痹虚劳病脉证治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治第七奔豚气病脉证治第八胸痹心痛短气病脉证治第九腹满寒疝宿食病