卷首序奏玉帝青辞进医书表卷上当明经络须识扶阳住世之法大病宜灸三世扁鹊时医三错忌用转下禁戒寒凉要知缓急五等虚实黄帝灸法扁鹊灸法附∶窦材灸法卷中伤寒伤寒四经见证太阳见证阳明见证太阴见证少阴见证伤风伤寒挟食
自序卷上 辨证瘴疟形状人身肖天地瘴疟类天时受病之源瘴疟伤寒辨瘴疟内伤辨诸疟瘴疟辨伤寒瘴疟分南北辨瘴疟五脏俱病冷瘴热瘴瘴不治症脉日期妇人小儿发瘴时调理却病法瘴病中将息法瘴病后将息法灸法瘴后变症痢肿胀痰治
序一序二序三卷一卷二卷三疹痧疹附录吴山散记小引吴山散记
简介序卷一卷二卷三卷四
伤寒论翼
序凡例卷上温病总论伤寒温病辨（四则）风温上焦篇风温中焦篇风温下焦篇卷下湿温上焦篇湿温中焦篇湿温下焦篇附温病治法要略附方
简介序针法卷上卷下
易牙遗意
卫济宝书
简介武进阳湖合志序卷一 水部卷二 火部卷三 土部卷四 五金部卷五 石部卷六 卤石部卷七 山草部卷八 芳草部卷九 隰草部卷十 毒草部卷十一 蔓草部卷十二 水草部卷十三 石草部卷十四 谷部卷十五 菜部卷十